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| Sonntag, 17. August 2008 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - TSV 1860 München | 2:1 |
| Freitag, 22. August 2008 | 18:00 Uhr | VfL Osnabrück - SC Freiburg | 2:2 |
| Montag, 1. September 2008 | 20:15 Uhr | SC Freiburg - Hansa Rostock | 1:0 |
| Sonntag, 14. September 2008 | 14:00 Uhr | FC Augsburg - SC Freiburg | 1:3 |
| Sonntag, 21. September 2008 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - SV Wehen Wiesbaden | 5:0 |
| Sonntag, 28. September 2008 | 14:00 Uhr | Alemannia Aachen - SC Freiburg | 1:0 |
| Freitag, 3. Oktober 2008 | 18:00 Uhr | SC Freiburg - MSV Duisburg | 2:0 |
| Freitag, 17. Oktober 2008 | 18:00 Uhr | 1. FC Nürnberg - SC Freiburg | 2:0 |
| Freitag, 24. Oktober 2008 | 18:00 Uhr | RW Ahlen - SC Freiburg | 0:3 |
| Mittwoch, 29. Oktober 2008 | 17:30 Uhr | SC Freiburg - FSV Mainz 05 | 0:1 |
| Sonntag, 2. November 2008 | 14:00 Uhr | FC Ingolstadt - SC Freiburg | 4:0 |
| Montag, 10. November 2008 | 20:15 Uhr | SC Freiburg - FC St. Pauli | 2:0 |
| Sonntag, 16. November 2008 | 14:00 Uhr | FSV Frankfurt - SC Freiburg | 1:2 |
| Sonntag, 23. November 2008 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - TuS Koblenz | 1:1 |
| Sonntag, 30. November 2008 | 14:00 Uhr | Spvgg. Greuther Fürth - SC Freiburg | 1:1 |
| Sonntag, 7. Dezember 2008 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - RW Oberhausen | 2:1 |
| Montag, 15. Dezember 2008 | 20:15 Uhr | 1. FC Kaiserslautern - SC Freiburg | 2:0 |
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| Sonntag, 1. Februar 2009 | 14:00 Uhr | TSV 1860 München - SC Freiburg | 0:2 |
| Freitag, 6. Februar 2009 | 18:00 Uhr | SC Freiburg - VfL Osnabrück | 4:1 |
| Montag, 16. Februar 2009 | 20:15 Uhr | Hansa Rostock - SC Freiburg | 1:3 |
| Freitag, 20. Februar 2009 | 18:00 Uhr | SC Freiburg - FC Augsburg | 1:0 |
| Freitag, 27. Februar 2009 | 18:00 Uhr | SV Wehen Wiesbaden - SC Freiburg | 0:1 |
| Sonntag, 8. März 2009 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - Alemannia Aachen | 2:1 |
| Sonntag, 15. März 2009 | 14:00 Uhr | MSV Duisburg - SC Freiburg | 2:0 |
| Montag, 23. März 2009 | 20:15 Uhr | SC Freiburg - 1. FC Nürnberg | 0:1 |
| Montag, 6. April 2009 | 20:15 Uhr | SC Freiburg - RW Ahlen | 1:1 |
| Montag, 13. April 2009 | 20:15 Uhr | FSV Mainz 05 - SC Freiburg | 1:2 |
| Sonntag, 19. April 2009 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - FC Ingolstadt | 3:2 |
| Freitag, 24. April 2009 | 18:00 Uhr | FC St. Pauli - SC Freiburg | 1:2 |
| Sonntag, 3. Mai 2009 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - FSV Frankfurt | 4:1 |
| Sonntag, 10. Mai 2009 | 14:00 Uhr | TuS Koblenz - SC Freiburg | 2:5 |
| Mittwoch, 13. Mai 2009 | 17:30 Uhr | SC Freiburg - Spvgg. Greuther Fürth | 0:0 |
| Sonntag, 17. Mai 2009 | 14:00 Uhr | RW Oberhausen - SC Freiburg | 1:0 |
| Sonntag, 24. Mai 2009 | 14:00 Uhr | SC Freiburg - 1. FC Kaiserslautern | 4:3 |
